大学拟将「明德守正，自强求是」定为大学校训，许多同学于空间发表他们的看法。有同学认为这则校训完全无法体现南科大「教育改革高校」的身份；有同学批评这则校训「不及『创新，创知，创业』强调其地处深圳、敢闯敢试，亦不及『扎根中国大地，建设世界一流研究型大学』强调学校长远目标和着重科研的性质」；也有同学观察出这则校训是港大校训（「明德」、「格物」）里摘2个字，长沙理工校训（ 博学 力行 守正 拓新）里摘2个字，清华校训（自强不息、厚德载物）里摘2个字，浙大校训（求是创新）里摘2个字组合而成的。
还有同学建议校训改为「敢为天下先」、「民主治校，去行政化」以强调大学创办的初心，或「不怕卷，卷不怕，怕不卷」以突出大学内日益内卷的学风。
上联：敢闯敢试，昨日南柯一梦
下联：明德守正，今朝前程似锦
横批：教改到此一游